Lembaga keagamaan adalah lembaga yang khusus memelihara, mengajar, dan melaksanakan kegiatan keagamaan. Lembaga Islam adalah lembaga yang didirikan untuk mencapai tujuan atau kegiatan yang dianggap penting oleh masyarakat dan merupakan seperangkat peraturan dan pedoman yang dimaksudkan untuk memenuhi kebutuhan bidang keagamaan. Desa Karangasem merupakan desa muslim dengan hampir 100% masyarakatnya menganut agama islam.  Lembaga keagamaan yang ada di Desa Karangasem tentunya dijalankan sesuai dengan prinsip-prinsip Islam. Di Desa Karangasem terdapat 4 (empat) Lembaga keagamaan yaitu:

1. PRNU (Pengurus Ranting Nahdlatul Ulama)

Struktur organisasi NU yang ada di tingkat Desa atau Kelurahan. PRNU bertanggung jawab untuk mengurus dan mengembangkan kegiatan NU di wilayah pedesaan, desa, atau kelurahan. Terdapat 20 anggota PRNU di Desa Karangasem.

2. Ansor

Gerakan Pemuda (GP) Ansor adalah organisasi kepemudaan, kemasyarakatan, kebangsaan, dan keagamaan yang berwatak kerakyatan. Gerakan Pemuda Ansor atau disingkat GP Ansor adalah badan otonom di bawah Nahdlatul Ulama (NU). Kelahiran Gerakan Pemuda Ansor (GP Ansor) diwarnai oleh semangat perjuangan, nasionalisme, pembebasan, dan etos kepahlawanan. GP Ansor terlahir dalam suasana keterpaduan antara kepeloporan pemuda pasca Sumpah Pemuda, semangat kebangsaan, kerakyatan, dan sekaligus spirit keagamaan. Terdapat 20 anggota GP Ansor di Desa Karangasem.

3. Muslimat

Muslimat atau Muslimat NU adalah sebuah organisasi khusus yang dirancang untuk para kader perempuan dari Nahdlatul Ulama. Muslimat Nahdlatul Ulama (NU) merupakan salah satu organisasi kemasyarakatan perempuan Islam terbesar di Indonesia. Terdapat 25 orang anggota Muslimat di Desa Karangasem. 

4. Fatayat

Fatayat NU merupakan salah satu organisasi perempuan bagian dari organisasi Islam terbesar di Indonesia yaitu NU, dan menjadikan NU sebagai induk organisasi. Dengan demikian Fatayat NU mempunyai prinsip keorganisasian yang sama dengan NU yaitu lebih berpegang teguh kepada doktrin toleransi, akomodatif dan berupaya memperjuangkan tradisi pengamalan dan pemahaman ajaran Islam yang sesuai dengan budaya Indonesia. Terdapat 25 orang anggota Fatayat di Desa Karangasem